丟卡利翁时代的大洪水源于宙斯（Zeus）的怒火。阿卡迪亚国王吕卡翁（Lycaon）曾以人为祭品向宙斯献祭，这种极端的傲慢行为彻底激怒了众神之王。为了结束这个道德沦丧的”青铜时代”，宙斯决定用一场史无前例的大洪水来清洗世界。洪水来临时，河流暴涨，海水倒灌，巨浪吞没了沿海平原，连绵的山脉都被冲刷一空。
在父亲普罗米修斯（Prometheus）的预警和指导下，丟卡利翁建造了一艘方舟。他与妻子皮拉（Pyrrha，埃庇米修斯之女）登上这艘救生船，在滔天洪水中漂泊九日九夜。正如其他文明中的洪水传说一样——无论是圣经中的诺亚，还是美索不达米亚的乌特纳匹什提姆——他们成为了人类文明的种子。
当洪水退去，大地重现时，丟卡利翁夫妇发现自己是世界上仅存的两个人类。面对空旷的大地，他们向宙斯献上感恩之祭，随后前往忒弥斯（Themis）的神殿，寻求重新繁衍人类的办法。
神谕给出了看似矛盾的指引：“遮住你们的头，将你们母亲的骨头抛向身后。“经过深思，这对夫妇领悟了神谕的深意：所谓的”母亲”是指大地母神盖亚（Gaia），而”骨头”则是指石头。于是，他们蒙上头巾，背对着神殿，将石子一颗颗抛向身后。奇迹随之发生——丟卡利翁抛出的石头化身为男人，皮拉抛出的石头变成了女人。就这样，新的人类诞生了，大地重新获得了生机。